cgsmiles

• cgsmiles package
  • Submodules
    • cgsmiles.cgsmiles_utils module
      • find_complementary_bonding_descriptor()
      • find_open_bonds()
      • read_fragment_cgsmiles()
    • cgsmiles.coordinates module
      • embedd_cg_molecule_via_rdkit()
      • forward_map_molecule()
    • cgsmiles.dialects module
      • check_and_cast_types()
      • create_dialect()
      • parse_graph_base_node()
    • cgsmiles.drawing module
      • draw_molecule()
    • cgsmiles.drawing_utils module
      • angle_between()
      • angle_of_interest()
      • make_edge()
      • make_graph_edges()
      • make_mapped_edges()
      • make_node_pies()
      • rotate_2D()
      • rotation_from_x_axis()
    • cgsmiles.graph_layout module
      • circular_layout()
      • vespr_layout()
      • vespr_refined_layout()
    • cgsmiles.graph_layout_utils module
      • assign_angles()
      • assign_bonds()
      • assing_dihedral_angles()
      • check_and_fix_cis_trans()
      • find_triplets()
      • rotate_subgraph()
    • cgsmiles.graph_utils module
      • annotate_fragments()
      • merge_graphs()
      • set_atom_names_atomistic()
      • sort_nodes_by_attr()
    • cgsmiles.linalg_functions module
      • dihedral_angle_between()
      • rotate()
      • rotate_degrees()
      • rotate_to_axis()
      • u_vect()
      • vector_angle_degrees()
    • cgsmiles.pysmiles_utils module
      • annotate_ez_isomers_cgsmiles()
      • compute_mass()
      • read_fragment_smiles()
      • rebuild_h_atoms()
    • cgsmiles.rdkit module
      • embed_3d_via_rdkit()
      • networkx_to_rdkit()
      • rdkit_to_networkx()
    • cgsmiles.read_cgsmiles module
      • read_cgsmiles()
    • cgsmiles.read_fragments module
      • PeekIter
      • collect_ring_number()
      • fragment_iter()
      • read_fragments()
      • strip_bonding_descriptors()
    • cgsmiles.resolve module
      • MoleculeResolver
      • compatible()
      • match_bonding_descriptors()
    • cgsmiles.sample module
      • MoleculeSampler
    • cgsmiles.test_utils module
    • cgsmiles.write_cgsmiles module
      • format_bonding()
      • format_node()
      • write_cgsmiles()
      • write_cgsmiles_fragments()
      • write_cgsmiles_graph()
      • write_graph()
  • Module contents